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生命科学学院伊成器课题组揭示PARP1介导的m6A负反馈调控机制

发布时间:2026/10/29 信息来源:生命科学学院 编辑:燕元 责编:晏如

N6-甲基腺苷(m6A)是哺乳动物mRNA中丰度最高且研究最多的一种修饰。这套修饰系统的秩序由三类蛋白维持:“书写器”(writer)METTL3/METTL14复合体负责加上修饰,“擦除器”(eraser)FTO/ALKBH5负责擦除修饰,“阅读器”(reader)如YTH家族蛋白和IGF2BP家族蛋白负责识别修饰并执行下游功能。m6A稳态的维持对于细胞多项生命活动至关重要。定量质谱结果显示,人体26种主要组织中总RNA的m6A/A比值稳定在0.11%—0.23%之间。m6A一旦过多,会损害溶酶体功能、扰乱葡萄糖代谢;且异常升高的m6A与多种癌症的发生、转移密切相关。然而,m6A修饰水平与其eraser蛋白表达并不总是成负相关的,例如之前的研究发现,Fto敲除小鼠的大脑中,m6A图谱几乎不发生变化。因此,仅靠已知的writer/eraser/reader相互作用体系不足以解释m6A稳态,细胞中可能还存在另外一套调控系统。

2026年10月13日,北京大学伊成器教授课题组在Molecular Cell发表了题为“A feedback mechanism of m6A via PARP1-mediated ADP ribosylation of METTL3/METTL14”的研究论文,首次揭示了一条由PARP1介导的ADP核糖基化修饰参与m6A负反馈调控,并据此提出了PARP抑制剂联合m6A靶向抑制剂的肿瘤协同治疗新策略。

论文截图

研究团队结合226个RNA结合蛋白的CLIP-seq/RIP-seq数据与单碱基定量技术GLORI,并利用人工智能模型BioPathNet预测潜在互作因子,两条独立筛选结果均将PARP1排在前列。质谱和RIP-seq显示,细胞内PARP1结合的RNA显著富集m6A修饰,且偏好结合高m6A转录本及经典DRACH基序;但体外实验表明,纯化PARP1对m6A修饰与未修饰RNA的结合能力相近,提示PARP1并非直接识别m6A。

进一步亲和纯化-质谱发现,PARP1同时与m6A阅读器IGF2BP1/2/3及书写器复合体METTL3/METTL14/WTAP相互作用。IGF2BP1和IGF2BP2凭借对m6A的高亲和力识别修饰RNA,并通过结合PARP1的ZnIII结构域将其招募至m6A位点。被募集的PARP1随后对METTL3/METTL14进行ADP核糖基化修饰,主要发生在METTL3的S2、K12和E20位点。AlphaFold3结构预测显示,S2位点的ADP-核糖占据辅因子SAM结合口袋,K12和E20位点修饰则占据RNA结合沟槽,从而显著削弱书写器复合体的RNA结合能力和催化效率。

据此,研究提出“read–orchestrate–write”模型:m6A形成后,IGF2BP识别并招募PARP1至m6A-RNA;PARP1激活后抑制METTL3/METTL14,降低m6A生成,从而实现m6A稳态负反馈调控。该机制不依赖FTO,拓展了m6A稳态调控的经典框架。

在肿瘤治疗层面,研究还发现长期使用奥拉帕利等PARP抑制剂会解除对书写器的抑制,使肿瘤细胞m6A水平升高。卵巢癌患者来源PDX模型显示,慢性奥拉帕利治疗后肿瘤m6A显著上升,升高位点富集于DNA损伤修复、细胞周期等耐药相关通路。联合阻断PAR修饰和m6A通路可产生协同抗肿瘤效应:PARP抑制剂联合IGF2BP2抑制剂可削弱高m6A RNA稳定性并促进其降解;PARP抑制剂联合METTL3抑制剂STM2457则直接抑制m6A生成。多株卵巢癌、乳腺癌细胞系及裸鼠成瘤、PDX模型均证实联合治疗具有显著协同杀伤作用,且该效应依赖完整PARP1信号。机制上,联合治疗通过加剧基因组不稳定性触发肿瘤细胞凋亡,并且不依赖BRCA1/2状态,有望扩大PARP抑制剂受益人群。

PARP1介导的m6A负反馈调控机制

自1963年PAR合成酶促反应被发现、1974年m6A修饰被鉴定以来,两项经典核酸修饰信号长期并行研究。该工作将ADP核糖基化信号转导与m6A表观转录组调控直接关联,提出RNA修饰领域首个负反馈调控机制,回答了“m6A稳态如何维持”的关键科学问题,并为克服PARP抑制剂耐药提供了新的联合治疗思路。

伊成器为本文通讯作者,北京大学生命科学学院博士后白永泰博士为本文第一作者。本研究得到国家自然科学基金委员会、科技部、北大-清华生命科学联合中心、基因功能研究与操控全国重点实验室、核糖核酸北京研究中心以及新基石科学基金会等机构和项目的支持。


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